Święty Kazimierz Jagiellończyk, rezydując z polecania ojca w Radomiu w latach 1481-1483, traktował stojący obok kościół jako zamkowy i częste miejsce modlitwy. W 1495 roku inny syn króla Kazimierza IV Jagiellończyka - Fryderyk w farze otrzymał bullę nominującą go do godności kardynalskiej. Wiadomo, że w XVI wieku przy kościele istniała biblioteka ze 170 łacińskimi woluminami. W 1794 roku sporą część sreber kościelnych proboszcz przekazał na potrzeby powstania kościuszkowskiego.
Jeśli nawet w ciągu kolejnych lat kościół św. Jana był remontowany, nigdy nie były to prace kompleksowe. Trudno się więc dziwić, że w 1752 roku zawaliła się część sklepienia. Zaniedbaną, poważnie uszkodzoną świątynię zaczęto restaurować w latach 1817-1838. Podwyższone zostały ściany nawy, którą nakryto drewnianym stropem; podwyższono wieżę i otynkowano elewację, a sygnaturka zyskała nowy dach. W wyniku tych zmian fasada zachodnia otrzymała wystrój neogotycki. W latach 1837-1840 odnowiono malowidła na sklepieniu w prezbiterium. Po tych zmianach, w 1844 roku, świątynia została rekonsekrowana.
Remonty kontynuowane były w kolejnych latach. Między 1881 a 1889 rokiem wyremontowano i podwyższono o piątą kondygnację wieżę, a w 1888 odrestaurowano kaplicę Kochanowskich. Odnowione zostało, będące darem cara Aleksandra I, ogrodzenie kościoła od ul. Rwańskiej. Gruntowną przebudowę, staraniem ks. infułata Piotra Górskiego, fata przeszła w latach 1908-1909. Projekt renowacji przygotował znakomity architekt Józef Pius Dziekoński.
Dzisiaj, po tych wszystkich zmianach, kościół jest neogotycki, jednonawowy z dobudowaną nawą boczną. Z dawnej świątyni zachowało się prezbiterium, północna ściana nawy z kaplicą różańcową i wieżą oraz kaplica Kochanowskich.
Ponownie fara była restaurowana w latach 60. XX wieku. Polichromia, nawiązująca stylem do gotyckiego wnętrza, została wykonana w 1972 roku. Zaprojektował i wykonał ją prof. Wacław Taranczewski z Poznania.
We wnętrzu kościoła zachowane były tablice epitafijne z XIX wieku. Z pewnością istniały też starsze, ale przy okazji kolejnych renowacji zostały zniszczone.
Obok świątyni w dawnych wiekach znajdował się cmentarz, ale zamknięto go w 1797 roku.
